獲得土地的方式不同，經濟適用房建設用地實行行政劃撥，免交土地出讓金；商品房采用出讓方式須交納土地出讓金；

成本結構不同；

租售政策不同，經濟適用房只售不租，商品房不受限制；購買條件和對象不同，經濟適用房享受政府優(yōu)惠，其購買對象是特定的，只供給城鎮(zhèn)中低收入家庭，因而要實行申請審批制度，商品房購買對象和條件不受限制；

價格政策不同，經濟適用房出售實行政府指導價，不得擅自提價出售。商品房出售價格完全由市場決定。 居民個人購買的經濟適用房產權歸個人； 房屋的產權分四部分：使用權、占有權、處置權和收益權，與商品房相比經濟適用房的產權只在收益權上與它們不同。商品房上市出售后，收益全部歸個人所有。