中國科學(xué)院北京基因組研究所碩士研究生入學(xué)考試《生物信息學(xué)》考試大綱
　　本《生物信息學(xué)》考試大綱適用于中國科學(xué)院研究生院報考生物信息學(xué)專業(yè)的碩士研究生入學(xué)考試。生物信息學(xué)是一門研究生物和生物相關(guān)系統(tǒng)中信息內(nèi)容和信息流向的綜合性科學(xué)。它采用信息科學(xué)、計算機(jī)科學(xué)、生物數(shù)學(xué)、比較生物學(xué)等學(xué)科的觀點(diǎn)和方法對生命的現(xiàn)象及其組成分子（核酸、蛋白質(zhì)等）進(jìn)行研究，主要研究生命中的本質(zhì)和規(guī)律，包括物質(zhì)組成、結(jié)構(gòu)功能、生命體的能量和信息交換傳遞等。通過對生物信息的計算處理，人們能從眾多分散的生物學(xué)觀測數(shù)據(jù)中獲得對生命運(yùn)行機(jī)制的詳細(xì)而系統(tǒng)的理解。
　　考試內(nèi)容
　　★ 生物信息學(xué)概論和數(shù)據(jù)庫
　　★ 序列數(shù)據(jù)的收集和存儲
　　★ 基因組序列組裝和基因注釋
　　★ 基因結(jié)構(gòu)元件識別和分析
　　★ 雙序列與多序列比對
　　★ 數(shù)據(jù)庫檢索算法
　　★ 序列變異研究的算法與進(jìn)化分析
　　★ 基因表達(dá)與調(diào)控網(wǎng)絡(luò)
　　★ 蛋白質(zhì)分類與結(jié)構(gòu)預(yù)測
　　考試要求
　　★ 了解生物信息學(xué)概念、研究方向、發(fā)展趨勢和重要事件，包括泛基因組和元基因組的概念，第一個全基因組序列和第一個基因組數(shù)據(jù)庫的產(chǎn)生等。
　　★ 了解重要的生物信息中心和常用數(shù)據(jù)庫（包括DNA序列數(shù)據(jù)庫、基因組數(shù)據(jù)庫、蛋白質(zhì)序列及結(jié)構(gòu)數(shù)據(jù)庫）
　　★ 了解不同類型序列數(shù)據(jù)的獲取方式，掌握常用的序列存儲格式及轉(zhuǎn)換方式。
　　★ 掌握常用的序列聯(lián)配算法及軟件，了解打分矩陣及空位罰分算法。
　　★ 理解多重序列比對與進(jìn)化分析的關(guān)系，掌握常用的漸進(jìn)算法及軟件。
　　★ 掌握FASTA和BLAST系列算法。
　　★ 理解進(jìn)化分析與親緣樹的關(guān)系，了解三種進(jìn)化分析算法（比較大似然法、距離法和比較大簡約法）。
　　★ 掌握開放閱讀框的預(yù)測方法，理解重復(fù)序列對基因預(yù)測的影響，掌握微生物基因組的基因預(yù)測，理解真核生物基因預(yù)測與外顯子識別的關(guān)系，了解啟動子預(yù)測與調(diào)控模式的關(guān)系，了解轉(zhuǎn)錄因子結(jié)合位點(diǎn)的概念及作用。
　　★ 掌握蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)的組成和層次，理解序列相似性與結(jié)構(gòu)相似性同蛋白質(zhì)分類之間的關(guān)系，掌握蛋白質(zhì)結(jié)構(gòu)預(yù)測方法，包括二級結(jié)構(gòu)和三級結(jié)構(gòu)。
　　★ 了解原核生物與真核生物基因組分析的異同點(diǎn)，理解同源性識別與蛋白組分析，掌握基因組分析與進(jìn)化的關(guān)系，了解功能基因組的研究方法。
　　★ 掌握轉(zhuǎn)錄組分析基本方法，理解基因表達(dá)差異分析及代謝網(wǎng)絡(luò)分析的算法和軟件。
　　主要參考書目
　　序號 書名 作者 出版社 備注
　　1 生物信息學(xué)：序列與基因組分析（英文版） David W. Mount 科學(xué)出版社 
　　2 生物信息學(xué) 張陽德 科學(xué)出版社 
　　3 基因組III T.A.布朗
　　袁建剛（譯） 科學(xué)出版社