學校從2000年開始就嘗試各種改革來提高研究生培養(yǎng)質量，每年都會有一些新的政策調整，學校實施了十個“研究生教育創(chuàng)新工程”，主要包括研究生生源擴展、研究生教育資源開發(fā)、研究生自選課題資助、優(yōu)秀博士論文建設、研究生訪學與學術交流、國內外研究生教育合作等。所培養(yǎng)的博士研究生于2000年、2002年和2005年3次入選教育部“全國百篇優(yōu)秀博士論文”， 
　　從2008年起，北京林業(yè)大學開始試行研究生培養(yǎng)機制改革，研究生招生類別調整為三類：
　　①非在職研究生：無工作單位，非在職脫產學習，必須轉工資關系、檔案，可轉戶口，畢業(yè)按照國家政策可參加就業(yè)派遣。
　�、谖�托培養(yǎng)研究生：有工作單位，在職脫產或不脫產學習，不轉檔案戶口，畢業(yè)后須回委托培養(yǎng)單位就業(yè)。
　�、蹖ｍ椨媱澟囵B(yǎng)研究生：北京林業(yè)大學目前僅有少數(shù)民族骨干專項計劃，錄取的該類研究生畢業(yè)后須回定向單位或地區(qū)就業(yè)，檔案戶口按照國家相關政策規(guī)定管理。（其它詳情請查詢北京林業(yè)大學的少數(shù)民族骨干計劃招生簡章）
　　另外為改善研究生培養(yǎng)條件，激發(fā)研究生創(chuàng)新實踐的熱情，北京林業(yè)大學每年的獎學金覆蓋面達70%以上，一等獎學金獲得者學費全免，二等獎學金免除一半學費。除此以外，在校的非在職碩士研究生每人每年都有不低于4000元的津貼，這是由學校及導師共同來提供的。表現(xiàn)優(yōu)異的學生還有機會獲得優(yōu)秀獎學金等及其他獎學金及助研津貼。